Seiring bergulirnya reformasi di segala bidang ditandai dengan diberlakukannya UU No. 22 Tahun 1999, PP No. 25 Tahun 2000, dan Undang-Undang No. 32 Tahun 2004 tentang Otonomi Daerah, maka dalam rangka mewujudkan tatanan penyelenggaraan pemerintahan sesuai dengan tuntutan masyarakat, mendorong pemerintah daerah untuk menyusun kembali berbagai kebijakan strategis dan penataan serta pengembangan sumber daya kesehatan secara efektif dan efisien menuju terciptanya pelayanan yang berkualitas. 

 

Saat ini beberapa permasalahan yang menjadi hambatan dalam pelaksanaan otonomi daerah di antaranya tingkat produktivitas tenaga kesehatan belum mampu menjawab kebutuhan dan permintaan pasar. Terdapat beberapa faktor penyebab rendahnya kemampuan tenaga kesehatan, di antaranya: 1. Adanya sistem sentralisasi pemerintahan Orde Baru, mendorong tingginya ketergantungan pemerintah daerah ke pemerintah pusat. 2. Penyamaan model kebijakan pemerintah menyangkut pengelolaan aparatur pemerintah daerah baik kelembagaan, kepegawaiaan, dan tata laksana, mendorong terjadinya ketidaksesuaian terhadap kemampuan pemerintah daerah. 3. Aparatur tenaga kesehatan yang telah terbiasa dengan sistem sentralistik tidak siap dan tidak diikuti dengan program percepatan pengembangan kemampuan aparatur, sehingga ketika diberlakukannya penyerahan kewenangan mereka tidak mampu bekerja sesuai yang diharapkan.